目前RNA修饰研究最多的是m6A甲基化 ， 那么除了m6A ， 其他的修饰如m7G、m1A、m5C等也是一个研究热点 。 云序生物提供多种类型的RNA修饰测序 ， 在不同领域均能找到发文契机 。 近期 ， 云序客户东南大学附属中大医院章锐锋课题组和广东医科大学张晶晶课题组在BMC Genomics杂志上发表了两篇关于m7G修饰谱的文章 。 分别揭示了缺氧性肺动脉高压中的RNA m7G甲基化谱以及缺氧下斑马鱼脑中甲基化修饰（m7G、m1A、m5C、m6A）情况 ， 为研究缺氧性肺动脉高压疾病、脑缺氧损伤提供了新的思路 。 云序生物有幸参与项目当中的m7G-MeRIP-seq、m5C-MeRIP-seq、m6A-MeRIP-seq、m1A-MeRIP-seq、MeRIP-PCR以及生信分析 。 接下来 ， 让我们看一下如何仅通过测序就能短、平、快的发表一篇RNA修饰文章 。
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一、大鼠缺氧性肺动脉高压模型中lncRNAs的m7G修饰谱

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发表期刊：BMC Genomics
发表日期：2022年1月7日
研究方法：m7G-MeRIP-seq、RNA-seq、MeRIP-PCR
样品类型：大鼠缺氧性肺动脉高压肺组织(3) vs 大鼠常氧肺组织（3）
文章链接：N7-methylguanosine modification of lncRNAs in a rat model of hypoxic pulmonary hypertension: a comprehensive analysis
技术路线

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研究内容
1、缺氧性肺动脉高压和对照组中lncRNA m7G甲基化的整体修饰特征
首先对缺氧性肺动脉高压（HPH）和对照(常氧 ， N)大鼠的肺组织进行m7G-MeRIP-seq和lncRNA-seq ， 测序结果显示 ， 两组间共有255个m7G甲基化峰 ， 仅占两组所有峰的5.0% ， 百分比较低 ， 表明两组间m7G模式存在差异 。 分析各lncRNA中m7G峰个数的分布 ， 两组间无显著差异 。 进一步分析m7G甲基化的lncRNA外显子数量 ， 发现在HPH和对照组中 ， 超过30%的总lncRNA包含两个外显子 。 同样 ， m7G和非m7G lncRNA主要由两个外显子编码 ， 说明HPH组和对照组的两个外显子对lncRNA中m7G甲基化的贡献最大 。

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2、两组间差异甲基化lncRNA的长度和分布
如m7G lncRNA表达的热图所示 ， 344个lncRNA中鉴定出353个差异甲基化的m7G位点 。 其中55%显著高甲基化 ， 45%显著低甲基化 。 对差异甲基化lncRNA的长度分析显示 ， 高甲基化和低甲基化类型之间存在差异 。 接下来还分析了差异甲基化lncRNA在染色体上的分布,其中低甲基化的m7G lncRNA主要位于1、5和4号染色体 ， 低甲基化的m7G lncRNA主要位于1、10和3号染色体 。

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3、差异甲基化lncRNA临近基因的功能分析
为了阐明差异甲基化lncRNA在缺氧性肺动脉高压发生发展中的作用 ， 作者还对位于差异甲基化lncRNA临近基因进行了GO和KEGG通路分析 。 GO结果显示 ， 高甲基化lncRNAs临近基因主要参与补体激活、胞内细胞成分等 。 位于低甲基化lncRNAs临近基因主要与蛋白糖基化、肌细胞分化、免疫球蛋白分泌等相关 。 此外 ， KEGG通路分析显示 ， 这些差异甲基化基因主要与金黄色葡萄球菌感染、cGMPPKG信号通路等通路相关 。 综上 ， m7G修饰的lncRNA可能通过以上GO功能和信号通路影响HPH的发生发展 。