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总 结
本文利用MeRIP-seq和mRNA-seq等技术 , 分析斑马鱼大脑中mRNA的甲基化修饰情况 , 展示了斑马鱼脑转录组中第一个完整的m1A、m5C、m6A和m7G图谱 , 揭示了缺氧条件下这些修饰在mRNA中的分布 。 随着基因表达水平的提高 , 这四种修饰的整体水平也逐渐升高 。 进一步的生物信息学分析表明 , 斑马鱼大脑中存在大量的m1A修饰 。 在缺氧处理的斑马鱼大脑中 , m1A的比例降低 , 影响RNA剪接和斑马鱼内源性逆转录病毒 。 这些数据为进一步研究m1A、m5C、m6A和m7G参与脊椎动物miRNA和重复元件的调控提供了宝贵的资源 , 并从转录组的角度为研究脑缺氧损伤提供了新的思路 , 有助于揭示一些与低氧损伤相关大脑疾病的表观遗传水平的潜在生物标志物 。
云序生物m7G研究五大模块
01 m7G RNA修饰测序
m7G RNA修饰测序
对m7G RNA甲基化 , 目前最流行的检测手段为merip-m7G-Seq技术 , 适用于m7G RNA甲基化谱研究 , 快速筛选m7G RNA甲基化靶基因 。 云序可提供mRNA和多种非编码RNA的m7G测序:
- m7G 全转录组测序(涵盖mRNA , LncRNA , circRNA)
- m7G LncRNA测序(涵盖LncRNA和mRNA)
- m7G Pri-miRNA测序(涵盖Pri-miRNA和mRNA)
- m7G mRNA测序
- m7G rRNA测序
- m7G circRNA测序
- m7G tRNA测序
LC-MS/MS检测整体RNA修饰水平
精准高效 , 可以实现一次检测 , 9类修饰水平检测 , 一步到位 。 03 m7G RNA修饰上游酶的筛选
m7G RNA修饰相关酶PCR芯片
寻找上游直接调控m7G RNA甲基化的甲基转移酶 。 04 m7G RNA修饰靶基因验证
MeRIP-qPCR
云序提供各类不同修饰的meRIP-qPCR服务 , 可针对mRNA , lncRNA , 环状RNA等不同类型的RNA分子进行检测 , 低通量验证RNA修饰靶基因表达水平 。
05机制互作研究
RIP-seq/qPCR
筛选或验证RNA修饰直接靶点 , 研究RNA修饰靶基因的调控机制 。
RNA pull down -MS/WB
筛选或验证目标RNA互作基因或蛋白 , 研究相应的分子调控机制 。
双荧光素酶实验
验证两基因互作 , 研究相应的分子调控机制 。
ChIP-seq
筛选或验证目标蛋白与DNA互作 , 研究相应的分子调控机制 。
云序生物优势
优势一:发表10分以上文章最多的RNA甲基化测序服务平台 。 云序已累计支持客户发表65+篇高水平RNA修饰文章 , 合计影响因子500+ , 是国内支持发文最多、累计影响因子最高的公司 。
优势二:至今完成4000+例RNA甲基化测序样本 , 全面覆盖医口、农口等各类样本 。
优势三:全面检测mRNA和各类非编码RNA(circRNA , lncRNA , Pri-miRNA等) 。
优势四:独家提供m7G一站式服务:m7G整体水平检测、m7G测序、MeRIP-qPCR验证、RIP和RNA pull-down等 。
优势五:率先研发超微量MeRIP测序技术 , RNA量低至500ng起 。
优势六:国内最全的RNA修饰测序平台 , 提供m6A、m5C、m1A、m7G、m3C、m6Am、O8G、ac4C乙酰化和2'-O-甲基化测序 。
云序客户RNA修饰部分文章列表
【RNA甲基化之m7G—另辟蹊径带你轻松发文!】
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