那么，什么是“心智系统”呢？
如果，我们把人体看作是一艘潜艇，“心智系统”就是人体这艘潜艇的操控团队 。在心智系统中，不管是哪层意识，意识都是各自心智系统的“船长”，负责发号施令 。而无意识是团队成员，负责人体的具体运行——行为与思考 。
从“行为”的角度来看，意识是“船长”，无意识是“轮机长”；从“思考”的角度来看，意识依然是“船长”，而无意识是“参谋长” 。
意识与无意识的这种关系，可以通过观察我们自己的日常行为得到印证 。比如：每天早上醒了，我们意识只要发出一个“起床”的意念，我们的人体就会自动完成起床的所有动作，不用意识去思考、指挥人体“如何起床”的动作 。
那么，这些“起床的动作”是怎么完成的呢？都是由无意识负责控制完成的 。
再比如，我们平时思考一个问题的时候，意识只是发出一个问题的意念，真正进行思考，并给出答案的，并不是意识，也是无意识 。
所以，真正懂得思考的高手，思考的时候，意识反而很安静 。就好比一个领导给下属发出了工作指令以后，充分信任下属，不去打扰下属，给下属创造一个独立完成工作的环境，这样思考出来的效果，往往是很好的 。
而不懂得当领导的人，给下属下达指令以后，不停地向下属催要结果，用焦虑的情绪去影响下属 。不少人把自己的意识不停催要结果，用情绪影响“下属”的过程，以为也是思考 。这，其实不是思考 。真正思考的过程在我们的意识之外，是无意识完成的 。
我们对“心智系统”有了一个大概了解以后，再来认识一下两套“心智系统”之间的差别 。
“完整的人”有三层意识，而这三层意识并不是各自为政的，而是同步的 。也就是说，当一个人的意识动了念头的时候，这三层意识都是一起动的，不存在某一层意识动了念头，而其他层的意识反对这个念头的情况，三层意识在念头上是高度同步的 。
比如，有的人看到美食，第一层意识就动了“想吃”的念头 。起这念头的时候，第二、三层意识同样也是这么认为的 。可是这个人的第一层意识马上又想到，最近一直在减肥、控制体重，于是，第一层意识又动了“不能吃”的念头 。同样，起这个念头的时候，第二、三层意识同样也是这么认为 。
一个人的意识虽然有三层，但是，当其中某一层意识起主导作用的时候，其他两层意识都顺应这层意识的意念，三层意识在发生念头的时候，高度同步，正因为这样，从感觉的角度来看，一般人都以为自己只有一个意识 。
没有经过“心智系统转换”训练的人，都以第一、二层意识为主导，只能感受到第一、二层意识的意念活动，感受不到第三层意识 。只有经过“心智系统转换”训练以后，这个人才能感受到第三层意识的意念，并以第三层意识为主导 。
在以第一、二层意识为主导的时候，第一、二层意识与前意识相结合，组成了第一套心智系统 。基本上所有人在娘胎里有了意识反应以后，就一直在用第一套心智系统，而且一生也只会用第一套心智系统 。
中国人有两句非常著名的老话，“三岁看到八十、江山易移本性难改”，这两句话说的都是第一套心智系统的特性 。
第一、二层意识都是类似人工智能的非“人”智能，所以，由这两层意识为主的第一套心智系统，也很像是电脑在运行 。在前意识中，记忆了大量的经验、偏见、知识，就和电脑数据库一样 。
一旦第一、二层意识发出指令的时候，前意识就按照记忆的经验、偏见、知识，去控制行为的发生以及给出思考答案，并伴随着情绪的体验 。与已有记忆相吻合，就表现出正面的情绪，而与已有记忆不吻合，就表现出负面的情绪 。

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